Per me sei in un vicolo cieco poiché sicuramente non puoi utilizzare il mezzo e devi denunciarlo. Detto questo, le operazioni da te effettuate (controllo solo numero di telaio senza prefisso, venditore professionale, passaggio di proprietà andato a buon fine ecc) dovrebbero escludere una tua responsabilità per incauto acquisto poiché hai utilizzato una normale diligenza nell'acquisto.
Per spiegarlo in modo più semplice le ipotesi di responsabilità penale possono essere di ricettazione per il venditore e di incauto acquisto per l'acquirente. Quest'ultima si configura nel caso l'acquirente non si sia adoperato per assicurarsi che il mezzo risultasse in regola (es. motore con libretto palesemente falso o comunque con irregolarità vistose) ma nello specifico non è il tuo caso.
Ovviamente non puoi pretendere una disamina esaustiva del problema, per di più fortunatamente non comune e complesso, tramite consigli su di un gruppo internet... quindi i miei consigli sono di rivolgerti ad un avvocato, sporgere denuncia e far causa al venditore chiedendo il risarcimento di quanto pagato per nullità del contratto (il motore rubato non poteva esser venduto e probabilmente vi sono gli estremi della truffa).
Prendi quanto da me affermato come un'idea di base della problematica, ripeto, l'argomento è troppo complesso per esser trattato in questa sede.
Ricordati che contestualmente c'è una persona che soffre perché è stata privata di un qualcosa di prezioso, magari tramandato in famiglia da padre in figlio. Questa persona deve riavere il proprio mezzo senza se e senza ma. Chiunque nella vita ha subito un furto di un mezzo sa bene questa sensazione.